万方查重和知网查重是两种常用的学术论文查重系统，它们在以下几个方面存在差异：
- 数据库：知网查重的数据库比万方查重的数据库更全面。知网收录了更多的学术期刊、学位论文、会议论文等资源，包括英文数据库。而万方查重的数据库则主要包含中国学术期刊数据库、中国学位论文数据库、中国学术会议论文数据库等。
- 算法：知网查重系统采用的是基于数字指纹的多阶快速检测方法，对用户指定的文档做数字指纹，与相关文档指纹比对，按照文档类型与内容特征不同，支持从词到句子、篇章级别的数字指纹。万方查重采用的是基于滑动窗口的低频特征部分匹配算法，能够快速生成报告，并且因为不检测互联网数据，万方报告一般来说几秒钟即可出来，速度超级快。
- 功能：知网查重系统可以识别法律法规，万方及很多查重软件目前还做不到；查重后的报告显示直观清晰，一目了然，检测时注重细节，使结果更加真实；能够检测 doc、docx、wps、caj、txt、pdf、kdh、nh、rtf 等多种格式。万方查重系统有（PSDS）论文相似性检测服务，可以快速准确地检测出毕业论文、博士、硕士论文、期刊论文中的不当引用、过度引用、论文抄袭、伪造、篡改等学术不端行为，自动生成检测报告，并支持 PDF、网页等浏览格式。
- 用户群体：万方虽是主流查重系统，但是使用范围没有知网广；知网在国内虽然没有形成垄断，但是是国内论文查重行业的龙头，大多数学校杂志社等单位机构都是与知网合作，可以说知网查重就代表了学校杂志社的查重。
- 价格：万方查重价格一般是几十元一万字，比知网要便宜；知网价格一般是以一篇为计价单位，通常会是几百元一篇。
总的来说，知网查重和万方查重的重复率相差较大，由于二者的数据库和检测算法不同，因此无法根据万方的重复率来推断出知网的重复率。在选择查重系统时，建议根据自己的需求和学校的要求来选择合适的查重系统。
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