《长相思》将故事背景设置在上古时期。名为轩辕王姬妭与八世俊帝高辛少昊之女，实为轩辕妭与蚩尤之女小名小夭的高辛玖瑶在不知晓自己身世的情况下一直被母亲轩辕王姬寄养在玉山王母身边。不久后，轩辕黄帝和神农蚩尤的大战爆发。玖瑶久等不见亲人来接，故对其父心生误会，自行逃离了玉山。

　　逃亡途中，玖瑶也经历了种种磨难，在经历了世事之后，玖瑶最终选择了隐姓埋名女扮男装做了名小医生。一次偶然的机会，玖瑶救起了被兄长残害的涂山璟。久而久之，璟对玖瑶产生了不一样的感情，然而因为自感卑微而只是一直默默爱着玖瑶，从未敢对玖瑶表达。后来，九头妖相柳在一次偶然的计划下发现玖瑶竟然可以帮助自己疗伤。

　　于是，相柳屡次将玖瑶掠走。渐渐地，渐渐地，相柳也对玖瑶萌生了情愫。与此同时，玖瑶的表哥颛顼终于找到了她，并将玖瑶带回了父亲俊帝身边。一直积压在玖瑶心头的多年的误会也终于拨开了浓雾，玖瑶不仅放下心中对亲人的误解，更以身犯险帮助颛顼夺回轩辕的王位。

　　最终，玖瑶更在一个似水之爱的涂山璟和一个似火之爱的相柳之间毅然选择了国家大爱，实现了母亲振兴国邦的遗愿。然而，过程之中的牺牲总是在所难免。相柳最终为救玖瑶而死，玖瑶因伤怀，遂决心与璟归隐……